最初に、簡単に本作のルート分岐の説明をしてみようかと思います。
これを読んでも仕組みが分かるだけで、大して役に立ちませんが、一応基本事項という事で。

　まず、依頼の出現条件には以下のものがあります。

【直前にこなした依頼】
　そのままです。クリアした依頼次第で次の依頼が決まります。
【直前にこなした依頼をどうクリアしたか】
　敵目標や増援の撃破が任意の場合、または追加の依頼を任意に受けられる場合です。
case1.「炉心破壊」でのＡＣとパルヴァライザーの撃破／無視
case2.「輸送部隊撃破」でのＡＣ二体の撃破／無視
case3.「発電施設破壊」のミッション中の追加依頼
【１プレイ中にクリアした過去の依頼】
　過去にこなした依頼が時間帯を置いた後々の依頼に影響する例です
依頼が絞られる場合が多く、その多くは固定ルートに乗るための条件と言えます。
過去依頼によって、依頼が出現するケースと、消失する２ケースがあります。
case1.１４：００「対戦依頼」＞１８：００「所属不明機撃破」
case2.１４：００「管理局強行偵察」＞「ライウン抹殺」「管理局施設破壊」消失

　最後に、おおまかなルート説明をします。 ルート分岐の最初の転機となるのが、１２：００時点です。
直前の動き次第で「ＭＴ追跡」「保管区奪還」が依頼され、「敵ＡＣ撃退」は必ず出ます。
大まかにこれら３つの特徴を言ってみると、
【敵ＡＣ撃退】
　流動性の高いルートです。依頼はややバーテックス寄りとなります。
条件の厳しい「中枢突入」ルートを含み、更に過程次第で全てのルートに派生します。
ある程度分岐条件を把握していないと、望みのＥＤを選びにくいルートです。
【保管区奪還】
　最終ルートは４つで、やや独立武装勢力の依頼も大目？
途中の依頼はこのルートでしか拝めないものも多く、ミッションを全て出すには必須です。
【ＭＴ追跡】
　アライアンス依頼偏重のルートです。
最終ルートは３種類で、中盤である程度ルート分岐が決まってしまいます。
　以下、これらの性質を基本に踏まえ、
「ＭＴ追跡」「保管区奪還」「ＡＣ撃退」の３つのルートに分けて分岐を説明します。

［補足］
・０８：００〜１０：００の色線は、ルート区別のためのもので以下の進行に影響しません
・「管理局強行偵察」をクリアすると、「ライウン抹殺」「管理局施設破壊」の依頼が無くなります
・「ダム管理施設破壊」でのＡＣ破壊数は以後の展開に影響しません
・「ダム侵入者排除」でのＡＣ破壊数は以後の展開に影響しません
　＃一定時間経過でＡＣ未登場になりませんので、２体倒す事になります
・「レイジングトレント�T�X撃破」、あるいは「輸送部隊撃破」を
　（後者はＡＣを２体倒さず）クリアすると、「炉心破壊」の依頼が無くなります
　＃これにより「中枢突入」ルートに入れなくなる可能性があります
　　この場合、１９：００台でクリアした依頼の条件が適用されます
・「研究データ回収」以後の展開は１９：００台にどちらの依頼をこなしたかで変化します

印刷用白無地

［補足］
・０８：００〜１０：００の色線は、ルート区別のためのもので以下の進行に影響しません
・「管理局強行偵察」をクリアすると、「ライウン抹殺」の依頼が無くなります
・「発電所侵入者排除」の消失条件、「研究データ回収」以後の展開は多少怪しいです
　＃今のところ「炉心破壊」完全クリア状態でのルート変化を確認してますが、別にもあるかも
　全組み合わせを検証していないので、イレギュラーがあればご一報ください。

印刷用白無地

［補足］
・０８：００〜１０：００の色線は、ルート区別のためのもので以下の進行に影響しません
・「管理局強行偵察」をクリアすると、「ライウン抹殺」の依頼が無くなります
・「研究データ回収」以後の展開は１６：００台にどの依頼をこなしたかで変化します
　＃これも、多少怪しいです。イレギュラーがあればご一報下さい

印刷用白無地

とりあえず、これで全ルート、全クリア過程を網羅できたはずなので、
ミッション限定ゲーマーの方にでも参考にしてもらえると幸いです。

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